Laparoskopske operacije cista jajnika danas su rutinski postupak liječenja za ciste za koje se dijagnostičkom obradom utvrdi dobroćudan karakter. Ovom se operacijom brzo i jednostavno uklanja cista ili cijeli jajnik te se nakon zahvata pacijentica brzo oporavlja. Rizik kod ove operacije postoji ukoliko se ne prepozna da se radi o zloćudnoj tvorbi te se tada njen sadržaj može razliti po trbušnoj šupljini što kod jednog broja pacijentica može uzrokovati širenje raka i lošiju prognozu. Pažljivom prijeoperacijskom obradom ovaj se rizik može svesti na manje od 1%. Ukoliko se prilikom zahvata posumnja da je riječ o malignoj tvorbi, liječnik će tkivo poslati na hitnu analizu te ukoliko se potvrdi sumnja, proširiti zahvat već prema zahvaćenosti ili preporučiti daljnju obradu.

Komplikacije
Komplikacije cista jajnika mogu biti slijedeće:
- prsnuće ciste
- uvrnuće (torzija) ciste i prsnuće
- suženje porodnog kanala
- zloćudna pretvorba

Prsnuće ciste može biti stanje koje ugrožava život. Znakovi koji upozoravaju na mogućnost prsnuća ciste su:
- iznenadna bol u donjem dijelu trbuha
- slabost
- mučnina i povraćanje
Ovo stanje zahtijeva hitnu medicinsku intervenciju