Endomeriotična cista se može definitivno izliječiti jedino operativnim zahvatom. Nema konzervativne terapije uz koju će nestati endometriotična cista kakvu navodno imate.

Vrsta liječenja ovisi o vrsti i veličini ciste.
Ukoliko cista zahtijeva liječenje i manja je od 5 cm u promjeru, liječnik može preporučiti lijekove koji će uzrokovati nestanak ili smanjenje ciste. Ukoliko se radi o funkcionalnoj cisti, vjerojatno će nestati unutar dva do tri mjeseca nakon početka uzimanja lijekova.
Kirurški zahvat se obično preporučuju kad se radi o:
- dermoidnoj cisti
- endometriomu
- cisti koja pokazuje znakove zloćudne pretvorbe
- cistama koje su veće od 5 cm u promjeru
- ciste koje uzrokuju tegobe

Mala operacija nazvana laparoskopija, pri kojom se instrumentom nazvanim laparoskop ulazi u trbušnu šupljinu i kamerom prenosi slika na monitor, dozvoljava liječniku direktan pogled u trbušnu šupljinu i površinu jajnika i uzimanje malog dijela tkiva jajnika za pregled u laboratoriju.
Ovaj tip zahvata obično ne zahtijeva uklanjanje oba jajnika. Na taj način tijelo zadržava sposobnost proizvodnje važnog ženskog hormona estrogena. Također je najčešće ostaviti maternicu netaknutom.
Ukoliko ste suočeni s odlukom napraviti ili ne napraviti kirurški zahvat, svakako provjerite sve terapijske mogućnosti. Kad pristanete na zahvat, potrudite se da prije toga saznate sve o zahvatu, što će sve biti odstranjeno i kako će to utjecati na vaše zdravlje i sposobnost zanošenja djece.
Laparoskopske operacije cista jajnika danas su rutinski postupak liječenja za ciste za koje se dijagnostičkom obradom utvrdi dobroćudan karakter. Ovom se operacijom brzo i jednostavno uklanja cista ili cijeli jajnik te se nakon zahvata pacijentica brzo oporavlja. Rizik kod ove operacije postoji ukoliko se ne prepozna da se radi o zloćudnoj tvorbi te se tada njen sadržaj može razliti po trbušnoj šupljini što kod jednog broja pacijentica može uzrokovati širenje raka i lošiju prognozu. Pažljivom prijeoperacijskom obradom ovaj se rizik može svesti na manje od 1%. Ukoliko se prilikom zahvata posumnja da je riječ o malignoj tvorbi, liječnik će tkivo poslati na hitnu analizu te ukoliko se potvrdi sumnja, proširiti zahvat već prema zahvaćenosti ili preporučiti daljnju obradu.

Komplikacije
Komplikacije cista jajnika mogu biti slijedeće:
- prsnuće ciste
- uvrnuće (torzija) ciste i prsnuće
- suženje porodnog kanala
- zloćudna pretvorba

Prsnuće ciste može biti stanje koje ugrožava život. Znakovi koji upozoravaju na mogućnost prsnuća ciste su:
- iznenadna bol u donjem dijelu trbuha
- slabost
- mučnina i povraćanje
Ovo stanje zahtijeva hitnu medicinsku intervenciju.